评价组织不同：科技核心期刊由中国科学技术信息研究所出版，受科技部委托，权威性名列国内首位。中文核心期刊是北京大学图书馆联合众多学术界权威专家鉴定，是除南大核心、中国科学引文数据库（cscd）以外学术影响力最权威的一种。

收录期刊数量不同：中文核心期刊表收录期刊总数1798种，其中生物科学类44种，医药卫生类223种。科技核心期刊收录期刊总数1576种，其中生物科学类51种，医药卫生类423种。223种生物医学期刊既是中文核心期刊，又是科技核心期刊。两者在特种医学、耳鼻咽喉、皮肤、神经病学与精神病学、肿瘤学、儿科、妇产科、口腔医学、外科、皮肤与性病等学科类目中所收刊种完全一致。

评选周期不同：中文核心:每三年更新一次目录 科技核心:每年更新一次目录

评选标准和范围不同：中文核心注重期刊的综合质量，而科技核心则更注重期刊的学术水平和学术传播力。此外，中文核心评选的期刊范围更广，包括了人文社会科学、自然科学等多个学科领域，而科技核心则主要关注自然科学和工程技术领域的期刊。

编辑出版单位不同：中文核心期刊由北京大学图书馆与北京高校图书馆期刊工作研究会联合研制而成，属于民间性质；而科技核心期刊由国家科技部委托中国科技信息研究所完成，具有一定官方性质。